旗舰店和自营店在质量上并没有显著的区别，两者都有严格的商品质量标准和检验流程。不过它们在经营模式、货源、销售目的等方面存在一些差异。以下是两者的具体区别：

1. 经营模式：旗舰店主要是商家自己开设的品牌形象店，可能拥有品牌的线上授权。自营店则是自营自己的货源，直接管理店铺。

2. 货源：旗舰店的货源主要是品牌方直接提供，通常质量有保障。自营店的货源则相对复杂，可能是自家产品，也可能是从其他渠道采购的货物。

3. 销售目的：旗舰店主要目的是通过销售自家品牌商品，提升品牌形象和知名度。自营店除了销售商品外，还可能为了赚取利润而销售非自营商品。

因此，虽然旗舰店和自营店在质量上没有显著差异，但在购买时仍需谨慎选择，可以根据个人需求和预算，以及店铺的信誉和口碑等方面进行综合考量。建议在购买前仔细阅读商品详情、店铺资质和用户评价等信息，以做出明智的购物决策。另外，无论是在旗舰店还是自营店购物，都有可能遇到质量问题，因此购物时需要注意保留相关证据，以便在需要时进行维权。