京东自营和旗舰店各有优势，具体选择哪种取决于个人需求和购物偏好。

京东自营的优势在于物流速度快，商品质量有保障。京东自营店铺的货源、物流、售后服务等都是由京东全程负责的，因此购物体验相对较好。同时，京东自营店铺的商品质量相对可靠，消费者可以更加放心地购买。此外，京东自营店铺的促销活动也比较多，消费者可以享受到更多的优惠。

旗舰店的优势在于商品品牌和种类的丰富性。旗舰店通常是由品牌官方或者授权经营的店铺，所售商品质量更有保障。同时，旗舰店中的商品种类更加丰富，消费者可以更加全面地选择自己需要的商品。旗舰店的售后服务也相对较好，可以提供更加专业的服务，让消费者享受到更好的购物体验。

因此，如果更看重物流速度和购物体验，可以选择京东自营；如果更看重商品品牌和种类的丰富性，可以选择旗舰店。在购买时，消费者还可以根据自己的需求和预算进行选择，综合考虑各种因素来做出最合适的购物决策。