农村低保户住院报销的主要流程如下：

1. 提供相关证明材料：农村低保户在住院后，需要拿身份证到所住医院的医务部门进行登记。然后提供相关的低保证明材料，包括个人身份证和医保卡等证件资料。部分医院可能需要更详细的材料，例如当地村委会或民政部门提供的低保身份证明或低保领取凭证等。不同的医疗机构可能会有不同的具体要求，请根据实际情况进行相应的准备。

2. 根据报销比例结算费用：提供证明材料和办理登记后，出院后按照一定比例和当地规定结算医疗费用。医保报销的金额会根据住院花费的金额进行计算。这部分费用通常由医院与当地医保机构直接结算，无需个人垫付。具体的报销比例和金额会根据当地的政策和规定有所不同。农村低保户在报销时，会根据当地的低保政策享受到相应的医疗救助和优惠政策。具体的报销比例和限额等细节需要咨询当地的医保部门或政府部门获取更准确的信息。值得注意的是，只有低保并不是医疗报销的必要条件，很多情况都能够进行一定程度的医保报销，如有更多疑问请咨询当地有关部门进行了解。

请注意，农村低保户住院报销的具体流程和报销比例可能会因地区和政策的差异而有所不同。因此，建议在办理报销前，先咨询当地的医保部门或相关部门，了解具体的报销政策和流程。